אגף התברואה ורישוי העסקים של המועצה כולל בתוכו מספר מחלקות:
מחלקת תברואה - המחלקה עוסקת במתן שירותי תברואה זמינים ואיכותיים: פינוי אשפה, טיפול בגזם מוניציפאלי, פינוי מתקני מיחזור, כלי אצירה (אחזקה, שטיפה, ריסוס), הדברה, ביוב, שירות ויטרינרי, תפעול משאיות וצוותי עובדים. לחצו כאן לפרטים נוספים.
מחלקת פיקוח ואכיפה - הזרוע המבצעת של המועצה לאכיפת חוקי המדינה הנוגעים לרשות וחוקי העזר של המועצה. מטרתה היא לשמור על הסדר הציבורי ועל רמת איכות החיים בתחום המועצה האזורית חבל אילות, וזאת באמצעות אכיפת מכלול של חוקים בתחומים שונים. לחצו כאן לפרטים נוספים.
מחלקת רישוי עסקים ושילוט - המחלקה עוסקת בהסדרת רשיונות לעסקים הטעונים רישוי על פי חוק רישוי עסקים, ובהתאם למטרותיו. כמו כן, עוסקת המחלקה במתן אישורים להצבת שלטים, בהתאמה לחוק הדרכים וחוק העזר לשילוט. לחצו כאן לפרטים נוספים.