מחלקת המים של המועצה אחראית על אספקת המים לישובים שאינם קיבוצים. המחלקה עוסקת בניהול מערכות המים (מי שתיה ומים מליחים) במרכז האזורי ובבאר אורה.
ניהול מערכת המים כולל:
- תכנון מערכות אספקת המים
- מעקב חודשי אחר צריכות המים
- סיוע בתיקון דליפות
- מתן מענה לצרכנים חדשים
- קשר עם גזברות המועצה
- ייצוג המועצה ברשות המים